Εν τούτοις χάρη στο ενδιαφέρον των Κερκυραίων και της Επτανησιακής Κυβέρνησης, ένα μέρος αυτής της απώλειας αποκαταστάθηκε μερικά χρόνια αργότερα. Η Βιβλιοθήκη έλαβε αξιοσημείωτες δωρεές όπως : του Nαπ. Ζαμπέλη, του Σπυρ. Σκορδίλη, Αθαν. Πολίτη, Αντώνη Πολυλά, Μάριου Πιέρρη, Πλάτωνος Πετρίδη. Ο τελευταίος εκτός από τη δωρεά της μεγάλης του βιβλιοθήκης, άφησε με διαθήκη το 1840 όλη την περιουσία του στην Κέρκυρα, ορίζοντας ότι ένα μέρος των εσόδων αυτής της περιουσίας θα αφιερώνεται στον εμπλουτισμό της Βιβλιοθήκης της Κέρκυρας. Θα πρέπει επίσης να μνημονευτεί η γενναία δωρεά του Πανεπιστημίου της Οξφόρδης που απέστειλε μια μεγάλη συλλογή συγγραφέων Ελλήνων και Λατίνων. Αυτός ο εμπλουτισμός ακολούθησε την εγκατάσταση του Πανεπιστημίου και της Βιβλιοθήκης σε ένα βενετικό οικοδόμημα στην κεντρική πλατεία της πόλης, τους στρατώνες Grimani, η βιβλιοθήκη στεγαζόταν στον 3ο όροφο. Σε άλλες αίθουσες λειτουργούσαν μουσεία : αρχαιολογικό, νομισμάτων, ζωολογικό, Μουσείο Φυσικής Ιστορίας, στο οποίο προστέθηκε το 1846 η συλλογή «mineralogie» ορυκτών που η Ακαδημία του Petersbourg δώρισε στον Ιωάννη Καποδίστρια.
Το 1840 ιδρύεται η Φιλαρμονική Εταιρεία Κερκύρας για τη συστηματική καλλιέργεια της μουσικής. Παράλληλα η Αναγνωστική Εταιρεία άνοιξε μια καινούρια βιβλιοθήκη, ένα κίνημα πολύ δραστήριο που ίδρυσε στην Κέρκυρα μια λογοτεχνική και καλλιτεχνική παράδοση, και την έκανε πνευματικό κέντρο του ελληνισμού. Κατά την διάρκεια αυτής της περιόδου η βιβλιοθήκη της Κέρκυρας έτυχε της διεύθυνσης λογοτεχνικών προσωπικοτήτων όπως : Κ. Ασώπιος, Π. Κουαρτάνο, Ι. Πολυλάς και αργότερα Ι. Ρωμανός.
Το 1864 πραγματοποιήθηκε η Ένωση της Επτανήσου με την Ελλάδα. Οι καθηγητές της Ιόνιου Ακαδημίας καλούνται να συμπληρώσουν θέσεις στο Πανεπιστήμιο Αθηνών. Η βιβλιοθήκη υπάγεται στο Υπ. Παιδείας. Αν και αυτή την εποχή η οργάνωση των βιβλιοθηκών είναι λίγο αναπτυγμένη στην Ελλάδα, η Δημόσια Βιβλιοθήκη Κέρκυρας λειτουργεί κανονικά και εμπλουτίζεται χάρη σε δωρεές Κερκυραίων και ιδρυμάτων του εξωτερικού και εσόδων του Πετριδείου κληροδοτήματος.
Μετά την Ένωση με την Ελλάδα, η Δημόσια Βιβλιοθήκη Κέρκυρας λαμβάνει τη βιβλιοθήκη του ύπατου αρμοστή και το 1870 του Αθαν. Πολίτη. Ο βασιλιάς Φρειδερίκος της Δανίας, πατέρας του βασιλιά της Ελλάδας Γεωργίου 1ου της στέλνει ένα αντίτυπο της θαυμάσιας έγχρωμης έκδοσης του Codex Sinaiticus του παλαιογράφου Tischendorf. Στο πέρασμα των χρόνων λαμβάνει τα βιβλία των : Π. Οικονόμου, Σπ. Νεράντζη, Γ. Λασκαρίδη, Ι. Τζουλάτη, ολόκληρη συλλογή του Αρχιδούκα της Αυστρίας Ludwig Salvator και τις δωρεές των Άντας Κοκκίδη και Δ. Σαψακωμένου. Το 1886 απέκτησε τη βιβλιοθήκη Α. Μουστοξύδη.
Το 1930 η βιβλιοθήκη της Κέρκυρας έγινε κάτοχος όλων των επίπλων της Ιονίου Ακαδημίας. Μπορεί πλέον να οργανωθεί σύμφωνα με τις νέες μεθόδους όσον αφορά στην ταξινόμηση των βιβλίων, την τοποθέτηση τους και την λειτουργικότητα των αιθουσών ανάγνωσης. Κατ΄αυτό τον τρόπο οργανωμένη και ολοκληρωμένη η βιβλιοθήκη της Κέρκυρας, έγινε η μόνη βιβλιοθήκη εξειδικευμένη σε επτανησιακές σπουδές. Είναι περίπου αυτή την εποχή που οι εκδότες των περιοδικών εκδόσεων αρχίζουν να στέλνουν αντίτυπα των εκδόσεών τους. Μέχρι τον πόλεμο η βιβλιοθήκη έλαβε δωρεές των : Eλένη Πιερή, Υπουργείου Εξωτερικών, του Βρετανικού Συμβουλίου, την βιβλιοθήκη του ιστορικού Σπ. Θεοτόκη (1.200 τόμοι ), του Σπ. Ζαβιτσιάνου, της οικογένειας Ιδρωμένου ( βιβλία σπάνια επί των πλείστον και πολυάριθμα χειρόγραφα ), του Αρσακείου Κέρκυρας, των αδελφών Θεοδώρου και Σταματίου Δεσύλλα, της Τράπεζας της Ελλάδας και της Εθνικής Τράπεζας της Ελλάδας. Σ΄αυτή την περίοδο ο κατάλογος της Βιβλιοθήκης καταρτίζεται με βάση επιστημονικές μεθόδους αυτή η ανανέωση της Βιβλιοθήκης συντελείται παράλληλα με την ύπαρξη στην Κέρκυρα ιστορικών αρχείων και άλλων λογοτεχνικών και καλλιτεχνικών ιδρυμάτων της Επτανήσου.
Ο πόλεμος δυστυχώς διέκοψε αυτή την άνθηση. Οι επίσημες στατιστικές σε σχέση με τις καταστροφές που υπέστησαν οι βιβλιοθήκες στην Ελλάδα, τοποθετούν τη Βιβλιοθήκη της Κέρκυρας στην « πρώτη γραμμή ». Η καταστροφή της υπήρξε ολοκληρωτική. Έτσι χάθηκαν παλαιές εκδόσεις οι οποίες ήταν οι μοναδικές που κατείχε. Ανάμεσα στα κτίρια που καταστράφηκαν κατά την διάρκεια των έξη μηνών που διήρκεσε ο ελληνοϊταλικός πόλεμος ( Οκτώβριος 1940 – Απρίλιος 1941 ) πρέπει να αναφερθεί το ιστορικό κτίριο της Ιονίου Ακαδημίας που περιελάμβανε τη Δημόσια Βιβλιοθήκη της Κέρκυρας, αλλά τα βιβλία σώθηκαν χάρη σε τρεις υπαλλήλους οι οποίοι τα φύλαξαν στο υπόγειο. Κατά τη διάρκεια της ιταλικής κατοχής δίνεται εντολή να επισκευαστούν οι εγκαταστάσεις της Βιβλιοθήκης, καθώς η επανεγκατάσταση και λειτουργία της. Μετά την capitulation της Ιταλίας το Σεπτέμβριο του 1943 ένας πόλεμος ξεσπά ανάμεσα στα ιταλικά και στα γερμανικά στρατεύματα κατοχής. Το νησί της Κέρκυρας γίνεται θέατρο εχθροπραξιών, τη νύχτα της 13ης προς 14 Σεπτεμβρίου 1943, οι γερμανοί ρίχνουν εμπρηστικές βόμβες και εκρηκτικές. Τα αεροπλάνα βομβαρδίζουν για 36 ώρες και δεν σταματούν έως ότου όλη η πόλη να αρχίσει να καίγεται. Τότε είναι που η Δημόσια Βιβλιοθήκη της Κέρκυρας τυλίχτηκε στις φλόγες.
Μετά την καταστροφή της βιβλιοθήκης το 1943, για πενήντα περίπου χρόνια στεγαζόταν σε πτέρυγα των Παλαιών Ανακτόρων. Αργότερα για διάστημα τριών περίπου χρόνων το υλικό της έμεινε αποθηκευμένο στο Πρεβαντόριο Μπενιτσών, κάτω από συνθήκες εντελώς ακατάλληλες , ενώ υπολειτουργούσε σε χώρο περίπου 80τ.μ. στο κτίριο της Αγροτικής Τράπεζας στο λιμάνι. Από το τέλος του 1997 στεγάζεται στο νότιο τμήμα του κτιρίου των Αγγλικών Στρατώνων στο Παλαιό Φρούριο.
