Στις 23 Ιουνίου 1814 ο στρατηγός Cambell αποβιβάζεται στην Κέρκυρα. Από άποψη πνευματικής ανάπτυξης η βρετανική προστασία υπήρξε μια γόνιμη περίοδος για την Κέρκυρα. Ο Ιωάννης Καποδίστριας που έγινα υπουργός εξωτερικών στην Ρωσία, έλαβε την πληροφορία από τον άγγλο Castelreaght ότι οι άγγλοι θα συμφωνούσαν με την ίδρυση ενός Πανεπιστημίου στα ελληνικά νησιά. Η συμφωνία (charte) τέθηκε σε ισχύ το 1817 και προέβλεπε (άρθρο 23) τη ίδρυση μιας ακαδημίας για τους διάφορους κλάδους επιστημών της λογοτεχνίας και των καλών τεχνών. Στις 29 Μαΐου του 1824 έγιναν τα επίσημα εγκαίνια της Ιονίου Ακαδημίας. Στην πανεπιστημιακή βιβλιοθήκη η οποία δημιουργείται με μέριμνα του δημιουργού της λόρδου Guilford, προσαρτάται στις 2/15 Δεκέμβρη του 1824 το υλικό της Δημόσιας Βιβλιοθήκης. Η βιβλιοθήκη έχει πλέον μεταφερθεί από τη Μονή Τενέδου στο παλάτι του Βρετανού Ύπατου Αρμοστή εντός του Παλαιού Φρουρίου, το οποίο χρησιμοποιούνταν και ως έδρα της Ιονίου Ακαδημίας. Η βιβλιοθήκη στεγαζόταν σε μια μεγάλη αίθουσα του Παλατιού, χωρισμένη σε δύο ορόφους, ενώ τα βιβλία ήταν τοποθετημένα σε ερμάρια όμοια με εκείνα του Πανεπιστημίου της Οξφόρδης. Διευθυντής της Βιβλιοθήκης τοποθετήθηκε ο συγγραφέας Ανδρέας Παπαδόπουλος Βρεττός (1800-1876). Πολλές δωρεές προέρχονται από βρετανικά πανεπιστήμια : Οξφόρδη, Κέμπριτζ, Τρίνιτυ. Ο Γ.Μοτσενίγος , παλιός αντιπρόσωπος της Ρωσίας στο Ιόνιο Κράτος, δωρίζει όλη του την προσωπική βιβλιοθήκη (πολλές χιλιάδες βιβλία), η σύγκλητος του Πανεπιστημίου εκφράζει την αναγνώριση της στον γενναιόδωρο δωρητή, τοποθετώντας την προτομή του στην αίθουσα ανάγνωσης. Αυτό όμως που υπήρξε εκπληκτικό γεγονός, ήταν η μεταφορά στις αίθουσες της Βιβλιοθήκη της Κέρκυρας, της ιδιωτικής βιβλιοθήκης του Guilford (25.000 τόμοι) που περιελάμβανε εκτός των άλλων, την ολοκληρωμένη σειρά βιβλίων που εκδόθηκε στα ελληνικά. Περιελάμβανε επίσης 3.000 χειρόγραφα ανέκδοτα – ως επί των πλείστον – μεγάλης αξίας. Η διεύθυνση του τμήματος χειρογράφων ανατέθηκε από τον Guilford στον ποιητή φιλόσοφο Ανδρέα Κάλβο.
Το συμβούλιο διοίκησης της Βιβλιοθήκης αποτελούσαν τρεις καθηγητές πανεπιστημίου. Ένας νόμος που ψηφίστηκε όριζε την υποχρεωτική κατάθεση ενός αντίτυπου που εκδόθηκε στα Επτάνησα. Η Βιβλιοθήκη της Κέρκυρας βρίσκεται ενδυναμωμένη από το θερμό ενδιαφέρον του Guilford, των καθηγητών του Πανεπιστημίου και της Κυβέρνησης και έμοιαζε να γνωρίζει μια περίοδο άνθησης. Ο θάνατος του Guilford στο Λονδίνο στις 2 Οκτωβρίου 1827 θέτει σε κίνδυνο την λειτουργιά του Πανεπιστημίου, ενώ συγχρόνως πλήττει την Βιβλιοθήκη. Μέσα σε ένα κωδίκελο που προστέθηκε στη διαθήκη του, όριζε τη Βιβλιοθήκη της Κέρκυρας κληρονόμο της συλλογής των βιβλίων και χειρογράφων του υπό τον όρο να προσλαμβάνουν του καθηγητές που θα κατονομάζονταν από τον ίδιο, στο Πανεπιστήμιο. Αυτό για να εξασφαλίσει τη λειτουργία του Επτανησιακού Πανεπιστημίου. Η κυβέρνηση των επτανησίων προφανώς εξωθημένη από τους κληρονόμους του Guilford αρνήθηκε να αναλάβει αυτή τη δέσμευση. Τα βιβλία και τα χειρόγραφα έπρεπε να δοθούν στο λόρδο Sheffield. Η απώλεια ήταν ανυπολόγιστη για τη Βιβλιοθήκη της Κέρκυρας και ο δυστυχής διευθυντής της Ανδρέας Παπαδόπουλος – Βρεττός υπέβαλλε την παραίτηση του.
